RAPTOR

Tavsif

RAPTOR - bu oqsil tuzilishini aniq prognoz qilish uchun mo'ljallangan innovatsion dastur. U ilg'or tahlil vositalarini bitta integral dasturiy ta'minot echimida birlashtiradi va uch xil ishlov berish usullarini taqdim etadi. RAPTOR-ning noyob tamsaytli dasturlashni optimallashtirish yondoshuvi past ketma-ketlikdagi homologiyaga ega maqsadlarning tuzilish shablonlarini topish uchun eng samarali hisoblanadi va yuqori sifatli modellarni yaratishga qodir. Foydalanish uchun qulay interfeys va oson tushuniladigan E qiymatlari yangi boshlanuvchilar va mutaxassislar uchun juda mos keladi. Eng muhimi, chiqimning intuitiv displeyi foydalanuvchilarga natijalarni bir qarashda shunchaki tushunishga imkon beradi. Maqsadli oqsillar ketma-ketligini hisobga olgan holda, agar ma'lum bo'lgan 3D tuzilishga ega bo'lgan gomologik protein mavjud bo'lsa, uni RAPTOR-da taqdim etilgan PSI-BLAST kabi ketma-ket qidirish vositalari yordamida topish mumkin. Maqsad tuzilishi keyinchalik ma'lum tuzilishdan quriladi; ammo, ketma-ketlik homologiyasi ahamiyatli bo'lmaganida, ya'ni 25% dan kam bo'lsa, PSI-BLAST ishonchli zarba bera olmaydi. PSI-BLAST-dan farqli o'laroq, shunchaki ketma-ket qidiruvni amalga oshiradi, oqsillarni iplash, katlamlarni aniqlash, ham homologiya, ham tuzilish haqidagi ma'lumotlardan foydalanadi. Bu noma'lum tuzilish bilan oqsillar ketma-ketligini ma'lum tuzilmalar ma'lumotlar bazasiga qarab skanerlaydi. Skorlama funktsiyasidan foydalanib va ​​uch o'lchovli tuzilmalar va chiziqli oqsillar ketma-ketliklari o'rtasida moslik tahlilini o'tkazib, ketma-ketlik tuzilishini yaratadigan eng yaxshi strukturaviy shablon aniqlanadi. Natijada, chekka ketma-ketlik gomologiyasi mavjud bo'lganda, oqsil iplari homologiyani modellashtirishdan yuqori bashorat beradi.