ZOOM Lite

Tavsif

ZOOM Lite - bu ma'lumotlar xaritalash va vizualizatsiya qilish uchun yangi avlodning ketma-ketligini ta'minlash dasturi. Foydalanuvchilar mos yozuvlar genomlarini kiritadilar va Illumina/Solexa qisqa fayllarni o'qiydilar yoki AB SOLiD rang oralig'i turli formatdagi fayllarni o'qiydilar, masalan. * .Fasta, * .fastq, * _seq.txt, * .csfasta va boshqalar. ZOOM ushbu qisqartmani xaritalash natijalarini chiqaradi. mos yozuvlar ketma-ketligi bo'yicha o'qiydi. ZOOM Lite yangi ishlab chiqilgan bir nechta oraliq urug'lar nazariyasiga asoslangan tezkor va aniq xaritalash yadrosiga ega. 15bp dan 240bpgacha bo'lgan har xil uzunlikdagi bitta va juft uchli o'qishlar bilan ishlash mumkin. O'qish va mos yozuvlar ketma-ketligi bo'yicha maqsadli mintaqa o'rtasida har qanday nomuvofiqliklar va har xil uzunlikdagi bitta qo'shilish/o'chirishga ruxsat beriladi. Har bir o'qish uchun noyob xaritada olingan natijalar yoki eng yaxshi (yuqori N) natijalar minimal nomuvofiqliklar va indel uzunligiga muvofiq xabar qilinadi. Xarita aniqligini oshirish uchun sifat ko'rsatkichlaridan foydalaniladi. Xaritalar yadrosi asosida ZOOM Lite foydalanuvchilarga mahalliy o'qilgan ma'lumotlarni va mos yozuvlar ketma-ketlik ma'lumotlarini yuklash, kerakli parametrlarni tanlash, to'rtta CPU orasida yuqori hajmli ma'lumotlarni parallel ravishda qayta ishlash, bajarilayotgan vazifalarni kuzatish, xaritalash natijalarini saqlash, * .BED yoki * .GFF fayl formatlarini xaritalash natijalarini va UCSC brauzerining trek ma'lumotlari bilan keyingi tadqiqotlarni o'tkazish uchun. Xaritalash natijalarini butun xromosoma ustidagi o'qish chuqurligi grafigidan o'qishlar va mos yozuvlar ketma-ketligi orasidagi batafsil ketma-ketlik hizalanmalarigacha istalgan istalgan miqyosda ko'rish mumkin. Foydalanuvchilar o'zlarini qiziqtirgan hududlarga shunchaki chertish, tortish yoki siljitish orqali osonlikcha harakat qilishadi. ZOOM Lite - bu ZOOM Studio dasturining hosilasi.